La vie scientifique de Rails et histoire dépend de son comité scientifique, qui décide de l'allocation des bourses de recherche, organise les colloques et conférences et dirige les publications. Il est constitué de personnalités, expertes dans leur domaine, qui apportent leur concours à titre bénévole.

Fort de la diversité des profils, il décide également du programme scientifique de l'association qui définit les axes de recherches en sciences humaines appliquées au monde ferroviaire.